Несомненной заслугой Михаила Михайловича Федорова является работа по реабилитации незаконно осужденных в годы репрессий граждан республики.
По инициативе М.М. Федорова прокуратура активно поднимала вопросы реабилитации незаконно осужденных по политическим мотивам, вплоть до обращений в генеральную прокуратуру СССР.
Правовой основой рассмотрения дел репрессированных, был секретный приказ Генерального прокурора СССР от 29 декабря 1954 года, изданный на основании Указа Президиума Верховного Совета СССР от 22 декабря 1954 года “Об упразднении Особого совещания при министре внутренних дел СССР”.
Прокурором Якутской АССР М.М. Федоровым был внесен протест в Верховный суд об оправдании одного из основоположников якутской литературы А.И. Софронова, незаконно репрессированного в 1928 году.
На практике к вопросу о реабилитации репрессированных по политическим мотивам вплоть до 1989 — 1991 годов партийные органы, Верховный суд и КГБ относились, мягко говоря, негативно. Более или менее применяя этот Указ лишь в отношении высших эшелонов власти СССР.
Решение дела А.И. Софронова затягивалось по различным причинам и лишь после неоднократных обращений прокурора ЯАССР М.М. Федорова и при поддержке генерального прокурора СССР было достигнуто признание А.И. Софронова невиновным.
Сам Михаил Михайлович Федоров писал: “29 марта 1963 года я получил уведомление, что заместителем генерального прокурора СССР надзорный протест по делу А.И. Софронова внесен на повторное рассмотрение, в Верховный суд РСФСР”.
“9 июня 1963 года коллегия Верховного суда РСФСР по уголовным делам, председатель Г.П. Чернышов, рассмотрела надзорный протест по делу А.И. Софронова — докладывала Овчинникова А.М., с участием Васькиной С.С. и прокурора Развиловой О.М., выступившей с заключением по делу.
Коллегия Верховного суда РСФСР полностью удовлетворила надзорный протест, внесенный заместителем генерального прокурора СССР и приняла постановление:
обвинительные Постановления коллегии ГПУ по делу А.И. Софронова от 29 августа 1928 года, от 30 января 1929 года, а также постановление Президиума Верховного суда Якутской АССР от 15 ноября 1962 года по этому делу считать не законными, отменить.
Признать А.И. Софронова невиновным. Таким образом, Анемподиста Ивановича Софронова полностью оправдали и реабилитировали”.
Михаил Михайлович видел своими глазами Софронова Анемподиста Ивановича (Алампа). И рассказывал он так: «В то время я учился в 5 классе Черкехской школы. А.И. Софронов был в доме моего отца Михаила Николаевича (Таппын Мэхээлэ). Это было поздней осенью. Однажды со стороны Черкеха к нам пришел высокий, стройный, красивый, опрятно одетый человек. Люди, собравшиеся в магазине, сразу оживились, обрадовались, очень приветливо встречали гостя. Это был Анемподист Иванович Софронов (Алампа). Софронов очень оживленно говорил о новой счастливой жизни в Якутии».
Прокурор Якутской АССР Михаил Михайлович Федоров приложил все возможные усилия для реабилитации этого светлого человека, вплоть до использования последнего шанса – обращения к генеральному прокурору СССР Роман Андреевичу Руденко.
При активном участии М.М. Федорова так же были посмертно реабилитированы: один из первых руководителей ЯАССР А.Г. Габышев, писатель И.Е. Слепцов-Арбита, один из первых якутов-учителей Е.М. Егасов и другие.
Федоров М.М. за три десятилетия до перестройки, гласности, демократизации в обществе инициировал и ускорял процессы реабилитации незаконно репрессированных.
Мужество, принципиальность, активность, проявленная прокурором ЯАССР Федоровым М.М. при отстаивании исторической справедливости в отношении жертв политических репрессий наглядный пример для молодого поколения юристов бескорыстного служения законности и справедливости.